数据库与菲律宾癌症

|写 安德烈·恩卡纳西翁DP

生物学家和信息专家joeriggo雷耶斯。 (由EL bacani照片,最高MPRO)
生物学家和信息专家joeriggo雷耶斯。 (由EL bacani照片,最高MPRO)

 

在两个内置的办公独坐,joeriggo雷耶斯可能不会在第一次出现是一个多学科团队应对世界上最致命的疾病之一的一部分。实验室袍或测序仪是一个典型的具有生物奖学金关联是遥遥无期。从他的房间在数学高达迪里曼的机构,但是,这种生物学家和信息专家发现自己在当代癌症研究的十字路口。

作为一个高等教育委员会,菲律宾加州高等研究院(pcari)资助项目的科学数据库的领先制造商,雷耶斯的办公室是由菲律宾和美国的四组产生的数据汇聚点。一旦完成,它将在了洛斯巴尼奥斯,加利福尼亚大学戴维斯分校,同比增长迪里曼,和菲律宾的肺中间房子从实验室的信息。

这些研究人员 - 联合国通过一个共同的愿景和光纤电缆比身体更接近使用的是他们在系统生物学,医学和化学专业知识,解开肺癌,声称每个小时10名菲律宾人的疾病的秘密,根据世界卫生组织。

同时为研究人员可以自由进出仓库听起来作业的至少一部分美艳,雷耶斯发现他的角色可能是最反映21世纪的科学可以怎么做。

科学家们正日益依赖于大型数据集汇集先前孤立对象,并以互动组件,使癌症等复杂现象进行建模。
在这些努力的心脏是数据库,那里的研究人员能够访问他们的同行和前辈上传大量的数据来解决以前无法解决的问题。雷耶斯希望他正在建设,不仅有利于他的同胞项目的支持者资源库,但其他科学家向下一代菲律宾生物医学研究的突破的工作。

 

什么是数据库?

而结婚生物学和信息技术项目听起来令人生畏,本身就说明数据库是相当简单的。 “数据库的一个简单的例子是Microsoft Excel文件,说:”雷耶斯。 “在一个excel文件,你行,你有列。而在这些你有喜欢的人的名字和生日等属性。这是一个简单的数据库,我们只是努力使更复杂的“。

现在这些更复杂的数据库已经越来越多的部分和复杂的生物学研究的主食。一个例子是健康的美国国立卫生研究院的NCBI(国家生物技术信息中心),以其BLAST算法。

 

从字符串数据库的癌症相关蛋白EFGR的可视化交互。访问: //string-db.org/
从字符串数据库的癌症相关蛋白EFGR的可视化交互。访问: //string-db.org/

 

“爆炸连接到NCBI的所有遗传数据的储存库,”雷耶斯说。 “从美国,日本和欧洲不同的机构组成的财团,以确保他们拥有的任何数据是提供给外界。所以,每个人看到同样的事情。”

原则上,只要从在世界任何地方的实验者序列的基因(或基因组),人们总是可以利用高炉在数据库中查找相似的。 “这样一来,”雷耶斯说,“你能确定你的基因或者蛋白质,或做出明智的猜测,其结构或功能。”过程甚至适用于其他类型的分子数据,如质谱指纹图谱蛋白质和代谢物。

 

一个多部分机

需要一个内部数据库是全面的,易于使用变得很明显,因为雷耶斯的项目的规模和复杂性。主要是通过Skype通信,每个他的同事研究人员在中 菲律宾人肺癌细胞株的glycoproteomics生物标志物的发现和天然产物的防癌普查 团队使得唯一的数据贡献,对部件自主工作,在总之,助长了更广泛的目标的实现。

总体而言,该项目奠定了今后的研究奠定了基础,使临床医生状态的患者告知,在最短的时间内,他或她是否有肺癌,什么治疗方案可能是最有效的。它也将帮助我们开发出针对多种基因药物,专门为当地居民。

该项目由博士领导的一个组成部分。菲律宾的肺中心的旧金山heralde,将收集的肿瘤组织和血液样品从菲律宾肺癌患者,和建立的细胞系为他们。

为什么这很重要?雷耶斯说,大多数至今对肺癌所做的工作使用了欧洲和美国的样本。 “我们有自己的突变组,我们​​自己的基因图谱。”这些样本都将有助于建立如果菲律宾确实有独特的癌症生物标志物,并帮助澄清如何,我们可能考虑到这些不同的配置文件响应疗法。

在另一个组件,研究人员将使用由博士加州大学戴维斯分校的实验室提供技术。卡利托lebrilla,在糖基化的碳水化合物至如蛋白质分子附着的专家。一些反过来这些“糖蛋白”的执行功能的细胞是至关重要的,例如发送和接收信号。

lebrilla的研究小组发现了几种类型的癌症可以通过分析类型和这些碳水化合物的丰度或有所区别“聚糖。”收集的患者样本中,这些聚糖的配置文件将提出,除了遗传变异和基因表达的配置文件,以确定如何糖基化的错误来的,以及如何这些可能是诊断“标记”,它未来的治疗可以针对。

 

雷耶斯在上搜罗庞大的数据集。 (由EL bacani照片,最高MPRO)
雷耶斯在上搜罗庞大的数据集。 (由EL bacani照片,最高MPRO)

 

The third component, led by chemists Dr. Ruel Nacario and Dr. Gladys Completo from UP Los Baños, in collaboration with Dr. Isagani Padolina of Pascual Pharma Corp. R&D Lab will characterize and identify plant extracts from the Makiling area that can help prevent or treat lung cancer. Compounds isolated from these plants will be screened for bioactivity against known cancer cell lines, and those previously collected. A computational team, including Reyes and led by mathematician Dr. Jomar Rabajante, will also try to model the broader cancer network involving genes, their expression, and the interactions between them based on all the collected data.

支撑所有这些努力,并通过团队成员产生的信息不断反馈将是该项目的数据库。并同时获得这一宝贵资源库可能会在这段时间被限制到了球队,这将是提供给全世界一旦该项目完成。

 

思维系统

对于雷耶斯,技术的进步已不可逆转地改变了科学是如何做的。像爆炸,KEGG和一个他帮助建立,数据库现在让科学家认为大和桥梁学科一度被认为是明显的。

“如今,我们不能孤立生活的,”他说。 “为了解决科学问题,你可能有一个像我们的项目确实有一个多学科的团队。它的振兴是在这样一支队伍的中间。”对于雷耶斯,这种多学科和协作方式的关键是维持地方的科学进步。

 

joeriggo雷耶斯制定癌症基因和蛋白质之间的相互作用。 (由EL bacani照片,最高MPRO)
joeriggo雷耶斯制定癌症基因和蛋白质之间的相互作用。 (由EL bacani照片,最高MPRO)

 

雷耶斯希望他们的努力很快就被年轻的研究人员,从高中起的培训,以更广泛地有关的科学问题想加入。 “我不知道该怎么生物学高中现在教的,但我认为它应该包括在系统思考的意识。没有超出教科书这么多。”在这张票据,组织,如总部设在美国系统生物学研究所目前推出的系统生物学的概念,以K-12学生那里。

如果应用在菲律宾,这个方向应该产生多才多艺的学生认为是当代研究的跨学科和数据驱动的本质更好的准备。当他们毕业时,由joeriggo雷耶斯和他的同事们准备的数据库应该是有帮助那一代最聪明的做出自己的突破。