使用dna条形码对抗野生动物黑市

|写的 andre dp encarnacion

博士。 ian kendrich fontanilla,生物学研究所dna条形码实验室负责人。照片来自misael bacani,up mpro。

 

最近有关巨蛤的消息(tridacna gigas在有争议的斯卡伯勒浅滩收获,在网上引起了大规模的愤怒,这只是该地区野生动植物黑暗历史上的最新低点。 2013年和2014年也发生了一系列尖锐的案例,这次涉及穿山甲或“鳞状食蚁兽”,这些食物被描述为世界上被贩运最多的动物。

所有八种穿山甲都被宣布至少在全球受到威胁。聚星平台穿山甲(manis culionensis但是,它被命名为极度濒危。毫不奇怪,2013年,当一艘被困在Tubbataha海洋国家公园的中国船只被发现时,船上有3000多个冷冻穿山甲,这令人震惊。不到一年之后,帕拉万官员在波多黎各王子城的两座住宅楼和一辆三轮车中没收了更多这些。

虽然每个人都担心帕拉万特有的聚星平台穿山甲是所涉及的,但事实证明这很难在视觉上证实。因为穿山甲主要是为了它们的鳞片,它们是由角蛋白(与人类头发和指甲中发现的相同)和肉类制成的,它们通常在被抽出,被击杀致死后被剥皮,并且煮沸得无法辨认。为了获得正义,这里需要的是一个科学可靠的系统,以确定在这些货物中发现的确切的穿山甲物种。

幸运的是,聚星平台大学生物学院的一个团队由博士领导。 ian kendrich fontanilla,先生。 adrian luczon和已故的博士。 perry ong一直致力于完善这样一个系统。遗传学家和保护生物学家与其他专家联手开创了一种叫做dna条形码的方法。

dna条形码使用偶数加工残骸中发现的dna分子指纹来准确确定特定物种。这是通过从收集的样本数据库中读取产品条形码等选定的基因来完成的,以帮助科学和执法。与一组紧密的机构一起,fontanilla正在努力帮助该数据库包括该国所有特有物种,并成为打击非法野生动物开发的前线工具。

基因和莎士比亚

虽然该国配备了立法,以共和国法案的形式保护当地的生物多样性。 9417,或野生动植物资源保护和保护法案,fontanilla解释了维护这项法律是多么困难。与palawan穿山甲的情况一样,环境和自然资源部门(denr)的代理人过去完全依赖于形态学或样本的外观来确定他们所监管的物种。正如我们所看到的,这可以证明是不可靠的。

 

好基因 - 脱氧核糖核酸条形码实验室的研究生工作,以填补该组织的条形码公共数据库。照片来自misael bacani,up mpro。

 

在2008年,fontanilla和其他遗传学家一起博士。乔纳斯基朗和博士。 zubaida basiao,与当时的生物学研究所所长和一位着名的野生动物生物学家联合,共同制作他们的dna条形码公共数据库。几年后,ong通过一项提案与denr接洽。 “我们为什么不互相帮助?”fontanilla回忆说。 “我们可以帮助您在分子水平上识别物种,并且您可以向我们提供样品。”这一提议正式开始了这两个机构之间的合作关系,至今仍然存在。

作为研究所dna条形码实验室的负责人,现在是聚星平台基因组中心(pgc)生物多样性项目的负责人,fontanilla更专注于分子方面,他解释说,不仅任何基因都可以用作条形码。 “你可以想到所有物种的dna,比如莎士比亚书籍的页面,”他说。 “当然,现在我们无法在没有标题的情况下识别它们,所以现在我们必须从每本书中挑选一页。”

这个“页面”或我们dna中的特定基因是一个便于识别的基因。 “就像当你打开第5页并将romeo的文字读给juliet,然后你知道它是什么工作。”将任何收集的基因的副本与数据库的当前内容进行比较,以找到最准确的匹配。 “这就是我们在dna条形码中所做的,我们找到了一个可以区别对待的基因。”

发电厂

对于动物,fontanilla和他的团队使用基因细胞色素c氧化酶亚基i或co1。与我们熟悉的大多数基因不同,这些基因存在于细胞核中,co1存在于线粒体中。 “线粒体是产生atp(为许多细胞过程产生能量)的原因;所以突变率非常高,“他说。这种跨时间的高变异率是产生变异性的原因,它使我们能够区分甚至密切相关的物种。

像co1这样的基因扮演着完美页面的角色,fontanilla和ong加入了他们的合作伙伴来填补他们的数据库。这涉及到现场进行提取dna的组织样本和来自足够动物的测量。 “尽可能我们尽量不杀死他们,”fontanilla说。他利用当地蝙蝠的情况,说明了为此目的而不受伤害地捕捉和释放它们的挑战。

 

fontanilla解释了从标本捕获到数据库记录的dna条形码管道。照片来自misael bacani,up mpro。

 

“我们有迷雾网让我们抓住它们,”他回忆道。当他们有一个被困时,小组必须非常小心,不要在提取过程中损坏他们的翅膀。在进行测量(也进入数据库)之后,通过允许它们抓住树来小心地释放蝙蝠。 “理想情况下,我们每个地区的样本超过5个,”fontanilla说。 “因为如果你只根据一个人的数据,那个特定基因的人口变异是什么?我们需要人口数据。“

幸运的是,创建一个好的数据库的任务现在是他们与主要盟友分享的一个。与聚星平台帝力大学和聚星平台基因组中心一起,de la salle大学和santo tomas大学等大学也加入了他们的行列。政府机构,如渔业和水产资源局(bfar),农业部(da)和科学技术部(dost)现在也是这项条形码工作的重要成员。

永远记得

到目前为止,当朗诵集团的成功时,fontanilla深情地记得ong对条形码事业的贡献,这持续到他最后一次游行。他说:“推动这项工作的是博士。” “因为在学术界,我们无法独自完成这一切。我们不能留在我们的象牙塔里,做一些没有社会影响的研究。政府正在向我们付钱以实现这种影响。“

 

由同事们给已故的佩里家族提供的数字艺术品。它描绘了与他一起工作的一些动物 - 穿山甲,聚星平台鹰,眼镜猴,老鼠和蝙蝠。由nathalie m完成的艺术。加斯帕。

 

这种伸出的精神完全被已故的科学院院长所体现。他与denr建立了互利的伙伴关系,为他们的盟友和dna条形码数据库本身的发展铺平了道路。

2016年关于穿山甲案的论文的发表是第一次记录这些伙伴关系的有效性。利用dna条形码的力量,dna条形码实验室的luczon和fontanilla以及ong的生物多样性研究实验室设法确定在普林塞萨港被没收的73个标本确实是来自一个地方的聚星平台穿山甲。另一方面,他们从tubbataha案例分析的12个样本来自密切相关的马来亚穿山甲(米鸦胆子),来自东南亚的另一种极度濒危物种。

虽然ong不再能够看到条形码数据库的未来发展,但fontanilla表示他的协作精神继续激励着他和他的同事们。

“当博士。佩里转过身来,我们所有的合作伙伴聚集在一起,以表达他们的敬意。一个悲伤但必要的结果是我们都遇到并同意完成我们一起计划的项目。我们计划完成所有这些工作。“

要访问生活数据系统的条形码,请访问: http://www.boldsystems.org.